Tom Heneghan wurde in London, England, geboren. Er studierte an der Architectural Association School of Architecture, wo er 1975 graduierte. Ab 1976 unterrichtete er als Tutor an der Architectural Association, seit 1979 als Dozent. 1990 wurde er als einer von nur fünf ausländischen Architekten von Arata Isozaki und der Präfektur von Kumamoto eingeladen, im Rahmen des Projektes 'Kumamoto Art Polis' - das an die Berliner IBA angelehnt ist - Gebäude zu entwerfen. Er eröffnete sein Büro 'The Architecture Factory' in Tokyo. Für seine Gebäude in Kumamoto (das Grasslands Agricultural Institute) erhielt er 1994 den Preis der Academy of The Architectural Institute of Japan - die prestigeträchtigste Auszeichnung der japanischen Architektur. Seine wichtigsten Folgeprojekte in Japan wurden ebenfalls mit Preisen ausgezeichnet.

Heneghan hat international unterrichtet, veröffentlicht und ausgestellt. Seine Arbeiten waren 1996 im japanischen Pavillon der Mailand Triennale und 2000 in der Ausstellung japanischer Architektur 'Totalscape' am Netherlands Architecture Institute in Rotterdam zu sehen.

Er war bis vor kurzem Professor an der Kogakuin University in Japan. Zur Zeit hat er einen Lehrstuhl an der University of Sydney, Australien.